Perguruan Tinggi Di Kota Manokwari
1. Institut Sains dan Teknologi Indonesia Manokwari – ( ISTI Manokwari)
2. Politeknik Cratindo Manokwari
3. Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi Mah-Eisa Manokwari – ( STIH Mah-Eisa Manokwari)
4. Sekolah Tinggi Ilmu Hukum Manokwari – ( STIH Manokwari )
5. STKIP Muhammadiyah Manokwari
6. Sekolah Tinggi Penyuluhan Pertanian Manokwari – ( STPP Manokwari )
7. Universitas Negeri Papua – ( UNIPA )
8. Universitas Terbuka perwakilan UPBJJ UT Jayapura di Universitas Negeri Papua
9. Sekolah Tinggi Theologi Erikson Manokwari
